Trong quá trình nuôi trồng hoặc sử dụng nấm linh chi chúng ta sẽ gặp 2 trường hợp phổ biến đó là mốc xanh và bị mọt phá khi bảo quản chưa đúng cách
1. Linh chi mốc xanh
Nguyên nhân
Đối với nấm sau khi hái: do phơi chưa kỹ vẫn còn ẩm và đem đóng túi, sau đó vài ngày trở đi nấm bắt đầu xuất hiện các hạt mốc xanh li ti.
Nấm đang sử dụng: sau khi lấy nấm ra dùng và không buộc kín túi hoặc đóng hộp đậy nắp kỹ phần nấm còn lại, sau đó để nấm ở môi trường có ẩm cao (như sau khi trời mưa hoặc trong nhà bếp, tủ lạnh…). Nấm sẽ bị mốc xanh rất nhanh nếu ta không để ý sau một vài ngày.
Nhận biết
Nấm linh chi khi bị mốc xanh đa phần sẽ bị ở mặt dưới nấm trước tiên, mặt dưới nấm có màu trắng đục hoặc vàng nhẹ có các lỗ nhỏ li ti là nơi dễ hút ẩm nhất. Vì thế mốc xanh sẽ phát triển ở khu vực này trước tiên, sau đó sẽ lan dần đều lên hết các phần còn lại của cây nấm.

Ban đầu hình sẽ có màu trắng, sau đó chuyển thành màu xám và biến thành lông màu xanh. Các hạt mốc xanh (có màu xanh rêu nhẹ) nhỏ sẽ hình thành và phát triển thành từng mảng, rất đơn giản mọi người có thể xem hình bên dưới.

Xử lý
Nấm sau khi thu hái: Nên phơi hoặc sấy khô nấm đến khi độ ẩm đạt 12 – 12,5% là có thể bảo quản trong thời gian dài từ 3 tháng trở lên trong các túi ni lông buộc kín.
Nấm đang sử dụng: Buộc kín túi và để nơi thoáng mát tránh ẩm thấp như ngăn mát tủ lạnh hay gần các nơi rửa chén, phòng tắm… Đặc biệt là sau khi trời mưa nhiều làm độ ẩm không khí tăng cao, có thể đem linh chi đang dùng ra phơi lại khi trời nắng to trong 1 buổi.
Xem thêm phương pháp chế biến nấm linh chi đúng cách và an toàn
2. Linh chi bị mọt
Nguyên nhân
Đối với nấm chua thu hoạch còn trên trại là do nấm để quá già và hóa gỗ dẫn đến giảm sức đề kháng sâu bệnh.
Nấm đã hái sau khi phơi chưa kỹ còn ẩm hoặc để quá lâu ngoài môi trường tự nhiên mà không được bảo quản trong các túi kín đúng cách
Nấm đang dùng sau khi lấy ra sử dụng không buộc kín túi
Kèm theo các nguyên nhân trên là môi trường xung quanh nơi ở đã có mọt mà chúng ta không nhận ra, như vậy nấm sẽ bị mọt phá rất nhanh
Nhận biết
Âm thanh: Có thể nghe tiếng mọt ăn nấm nhỏ li ti lách tách
Bằng mắt: Sẽ thấy các lỗ nhỏ tròn li ti như đầu que tăm trên bề mặt nấm, tránh nhầm lẫn với các lỗ do khi trồng bị khuyết điểm do chồng lấn lên nhau.

Cảm nhận bằng tay: Khi bóp vào tai nấm sẽ cho cảm giác như bóp vào lá cây khô, có cảm giác nềm như bông và nấm sẽ vỡ vụn ra. Chính xác hơn có thể bẻ nấm ra để xem, nếu bên trong có nhiều lỗ nhỏ li ti hoặc mục rỗng là đã bị mọt phá

Xử lý
Nấm trên trại nên thu đúng tuổi khi đã hết viền trắng và không để trại quá khô hoặc quá ẩm.
Phơi nấm ngoài ánh nắng tự nhiên hoặc sấy khô, sau khi đã đạt độ ẩm 11 – 13% là đóng vào các túi ni lông buộc kín. Để có thể bảo quản thời gian lâu hơn, chúng ta dùng các túi hút chân chứa nấm và sau đó rút hết không khí bên trong.
Khi dùng nấm, nên buộc kín túi hoặc đóng kín nắp sau khi lấy nấm ra dùng.
Xem thêm cách nhận biết nấm linh chi tốt